Cohesión Comunitaria e Innovación Social ha buscado que la obtención de recursos no sea un criterio ni un requisito para desarrollar iniciativas relacionadas con su objeto social. El financiamiento de sus programas y proyectos proviene de fondos propios, de coinversiones, de la contratación de servicios, de donaciones o de apoyos económicos. Entre las instituciones que han provisto recursos para el trabajo de CCIS están:
- Agencia para el Desarrollo Internacional de los Estados Unidos (USAID / MS-Pro Derecho)
- British Council México
- Centro Nacional de Prevención del Delito y Participación Ciudadana
- Fundación Avina
- Gobierno del Estado de Colima
- Gobierno del Estado de Quintana Roo